V roku 1558 sa vydala za syna Henricha II., dauphina Františka (ktorý sa v roku 1559 stal po otcovej smrti francúzskym kráľom Františkom II.), a krátko na to bola korunovaná za francúzsku kráľovnú. Škótsko sa podľa svadobnej klauzuly stalo akousi súčasťou Francúzska, čím sa Mária stala protihráčkou Anglicka a jeho novej, nie však všetkými uznávanej kráľovnej Alžbety. Ako francúzska kráľovná sa po smrti Henricha II. musela prizerať tvrdému potlačeniu hugenotského povstania a následnej poprave vzbúrencov, ktorú nariadila jej svokra, Katarína Medicejská.
V roku 1560 zomrel ešte len 17-ročný František, ktorý bol od detstva neduživý, a z Márie sa stala kráľovná-vdova. A hoci smútila za svojim manželom, ktorý bol pre ňu skôr priateľom ako manželom, musela sa rozhodnúť, či zostane vo Francúzsku a bude naďalej len kráľovnou-vdovou, alebo sa vráti do Škótska a zasadne na svoj vlastný trón. O rok neskôr sa rozhodla pre návrat do Škótska, kde sa stala – už ako dospelá – aj fakticky škótskou kráľovnou.
Hlavnými poradcami sa Márii v Škótsku stali jej nevlastný brat Jakub, nelegitímny syn Jakuba V., budúci gróf z Moray, a William Maitland z Lethingtonu, jej tajomník. V Škótsku, kde sa už pred jej príchodom stalo oficiálnym náboženstvom protestanstvo, bola tiež snaha prinútiť Máriu, aby prijala toto náboženstvo.Tiež sa nanovo rozbehli rokovania o jej ďalšom možnom sobáši, ktorí by zabezpečil potomka pre škótsku korunu, no tentoraz do výberu zasahovala i sama kráľovná. Jedným z kandidátov, ktorého navrhla sama Alžbeta I., bol Robert Dudley, gróf z Leicestera, ktorý bol neoficiálne považovaný za Alžbetinho milenca a možného manžela, no vďaka záhadnej smrti jeho prvej manželky bol pre Máriu úplne nevhodným kandidátom. Napokon sa zamilovala do svojho vzdialeného príbuzného Henryho Stewarta, lorda Darnelya, ktorý bol synom nevlastnej sestry Jakuba V., a 29. júla 1565 sa za neho vydala.
Manželstvo s lordom Darnleyom však bolo pre ňu veľkým sklamaním, dokonca tak veľkým, že sa začalo hovoriť o jej rozvode, ktorý však striktne odmietla. Rozišli sa ešte pred 19. júnom 1566, kedy sa kráľovnej narodil syn Jakub VI. (neskorší anglický kráľ Jakub I.), ktorý sa stal následníkom škótskeho trónu. Darnley dal v roku 1566 z nenávisti zavraždiť Máriinho talianskeho tajomníka Davida Rizzia a v noci z 9. na 10. februára 1567 bol lord Darnley zavraždený (snáď s Máriinim vedomím) spiklencami, ktorí boli verní kráľovnej, a vedení pravdepodobne lordom Bothwellom.
Krátko po Darnleyho smrti sa Mária vydala za Jamesa Hepburna, 4. grófa z Bothwellu. Bothwell bol tajne označovaný za Darnleyovho vraha a proti svadbe Márie a Bothwella bolo snáď ešte viac ľudí, ako proti predošlej svadbe. Mária sa snažila presadzovať katolicizmus, čo vzbudovalo odpor protestantských lordov, a tí ju uväznili na zámku Lochleven, kde ju 25. júla 1567 donútili podpísať niekoľko zmlúv – v prvej sa vzdáva trónu, v druhej dáva súhlas na korunováciu syna Jakuba a v tretej určuje za regenta svojho brata Jakuba z Moray, zatiaľ čo Bothwell utiekol do Škandinávie. Márii sa podarilo z väzenia utiecť, no jej vojsko bolo 13. mája 1568 porazené pri Langside (dnes časť Glasgowa) a Mária utiekla do Anglicka, pretože dúfala, že ju Alžbeta ako kráľovná „pochopí“.
V Anglicku požiadala o stretnutie s kráľovnou Alžbetou I., no tá sa stretnutiu radšej vyhla a ani ju nepozvala k dvoru, no napokon však bola rada, že je v Anglicku a nie v inej zemi, odkiaľ by spriadala plány proti jej trónu. Napriek všetkým rečiam, ktoré okolo škótskej kráľovnej kolovali, však nemala žiaden dôvod, prečo ju držať v zajatí na ostrove. Alžbeta ju však dala uväzniť (na hradoch Bolton, Chatsworth, Sheffield, Tutbury, Windfield, Fotheringhay), bolo to však väzenie v zlatej klietke, nakoľko mala svoj svoj vlastný dvor, ktorý financovala Alžbeta , a mužov, ktorý ju strážili, nazývali jej ochrancami. V tejto nezávideniahodnej situácii písala listy do katolíckych zemí, v ktorých žiadala o oslobodenie, no pomoc neprišla odnikiaľ, a tak vo väzení strávila posledných devätnásť rokov svojho života.Nakoniec obvinená lordom Burghleym z účasti na Banbingtonovom sprisahaní (katolícke sprisahanie na zavraždenie Alžbety). Skutočným dôvodom bolo, že žijúca Mária dodávala nádej katolíkom v Anglicku, snažiacím sa zavraždiť Alžbetu. Mária bola uznaná vinnou a odsúdili ju na trest smrti. Teraz bolo všetko na Alžbete, ktorá musela podpísať rozsudok smrti, no tá dlho váhala, pretože vedela, že poprava pomazanej hlavy je nebezpečná, pretože padne mýtus o tom, že panovník je nedotknuteľný. A mala pravdu. Napokon rozsudok podpísala a aj vďaka tomu boli neskôr popravený Karol I. alebo Ľudovít XVI. a jeho manželka Mária Antoinetta.Mária po vynesení rozsudku napísala Alžbete I. list, v ktorom spísala svoje posledné priania. Chcela byť pochovaná v milovanom Francúzsku vedľa svojej matky a zaopatriť svoje služobníctvo. Tiež si priala byť popravená na verejnosti pred svojim služobníctvom, aby jej nepriatelia nemohli tvrdiť, že pred smrťou konvertovala. Napokon bola pochovaná v Katedrále Peterborough, ale v roku 1612 dal jej syn Jakub jej telo exhumovať a umiestniť do krypty Kaplnky Henricha VII. vo Westminster Abbey.